La struttura organizzativa dell'Agenzia comprende una Sede centrale, situata a Padova, dove sono concentrati gli uffici che svolgono funzioni direzionali, di supporto e di coordinamento dei servizi periferici, e sette strutture territoriali denominate Sportelli unici agricoli (SUA), che svolgono funzioni tecniche e amministrative connesse all'istruttoria delle domande di pagamento e dei procedimenti relativi alle funzioni delegate dalla Regione del Veneto. Gli Sportelli unici agricoli effettuano inoltre la maggior parte dei controlli in loco previsti dalla regolamentazione comunitaria e dalle disposizioni regionali.

Attualmente l'Agenzia conta 405 dipendenti di cui 12 dirigenti, con un rapporto tra dirigenti e dipendenti pari a 1/33 a fronte di una media nazionale che negli uffici pubblici registra la presenza di un dirigente ogni tredici dipendenti.

Separazione delle funzioni

La struttura organizzativa dell'Agenzia risponde ai requisiti obbligatori previsti dalla normativa comunitaria per lo svolgimento delle funzioni di organismo pagatore e garantisce in particolare la separazione delle funzioni di autorizzazione, esecuzione e rendicontazione dei pagamenti.