La struttura organizzativa dell'Agenzia comprende una Sede centrale, situata a Padova, dove sono concentrati gli uffici che svolgono funzioni direzionali, di supporto e di coordinamento dei servizi periferici, e sette strutture territoriali denominate Sportelli unici agricoli (SUA), che svolgono funzioni tecniche e amministrative connesse all'istruttoria delle domande di pagamento e dei procedimenti relativi alle funzioni delegate dalla Regione del Veneto. Gli Sportelli unici agricoli effettuano inoltre la maggior parte dei controlli in loco previsti dalla regolamentazione comunitaria e dalle disposizioni regionali.

Separazione delle funzioni

La struttura organizzativa dell'Agenzia risponde ai requisiti obbligatori previsti dalla normativa comunitaria per lo svolgimento delle funzioni di organismo pagatore e garantisce in particolare la separazione delle funzioni di autorizzazione, esecuzione e rendicontazione dei pagamenti.