L'Agenzia, al fine di recepire tutte le disposizioni del quadro normativo in materia di anticorruzione, antiriciclaggio e antifrode, ha definito la Strategia triennale per l'integrità 2020-2022.

L'obiettivo finale della Strategia è pertanto la sistematizzazione di un approccio proattivo, strutturato, coerente con le azioni e i risultati fin qui conseguiti e mirato nella gestione dei rischi allo scopo di individuare misure efficaci e proporzionate, accompagnate da strumenti sostenibili in termini di costi di attuazione.Il presupposto alla base di tale documento è che le sinergie che si possono determinare assumendo un approccio integrato rispetto a tematiche, le quali, in ultima analisi, attengono alla tutela dell'erario a fronte di comportamenti illeciti, possono produrre economie di scala e una qualificazione dei processi con ricadute positive anche sull'efficienza globale delle amministrazioni.

La Strategia trova la sua esplicitazione operativa nel Piano triennale di prevenzione della corruzione e della trasparenza, nel Piano antiriciclaggio e nel Piano antifrode che, unitamente al Codice di comportamento, alla procedura per la gestione del Whistleblowing ed al Manuale delle procedure per l'irrogazione di sanzioni amministrative nazionali, sono volti a presidiare organicamente gli interessi finanziari della Comunità Europea.

Dal 2022 l'Agenzia predispone il Piano integrato di attività e organizzazione (PIAO) e pertanto i contenuti della Strategia per l'integrità si intendono in esso assorbiti.